Seit seiner Gründung im Jahre 1974 ist das Dommuseum Salzburg sehr eng mit der Erzabtei St. Peter verbunden.
Nicht nur zahlreiche Exponate gehören zu den Kunstsammlungen von St. Peter. Auch die Dombögen mit den originalen Kästen der ehemals fürsterzbischöflichen Kunst- und Wunderkammer stehen im Eigentum der Erzabtei.
Im Direktorum des Dommuseums ist immer auch ein Mitglied der Erzabtei vertreten.